WunderWaffen ("armes miracles") se déroule pendant la dernière année de la Seconde Guerre mondiale, lorsque les débarquements en Normandie ont ouvert la voie à l'occupation de Berlin et à la défaite qui en a résulté pour l'armée allemande. À l'aide de règles simples, le jeu recrée la collaboration troublée entre les Alliés russes, britanniques et américains durant la phase finale de la guerre.
L'armée allemande est proche de l'effondrement, mais dans ses laboratoires, des scientifiques et des techniciens conçoivent de nouvelles et terribles armes, les « WunderWaffen », dans l'espoir de renverser le cours d'une situation désespérée.
Pendant le jeu, les joueurs alliés doivent soigneusement équilibrer l'urgence d'avancer rapidement vers Berlin avec la nécessité de limiter la recherche scientifique des Allemands, tout en essayant de s'entraider.
Le joueur allemand devra avancer sur la piste de recherche, en essayant en même temps de mener un combat désespéré contre l'avance des Alliés pour retarder l'inévitable défaite le plus longtemps possible. Les Allemands peuvent également gagner, même en perdant Berlin, grâce à un système de points qui récompense les résultats des forces sur le terrain.