Dans Seas of Havoc, les joueurs incarnent un capitaine de navire unique dans un jeu de combat naval où les joueurs s'affrontent pour obtenir le plus de renommée. Les joueurs peuvent gagner de la renommée en découvrant des épaves et en se battant en haute mer.
Le jeu est divisé entre une phase de combat en haute mer et une phase insulaire où les joueurs envoient leurs skiffs à des emplacements de travailleurs pour obtenir des ressources, améliorer leurs ponts, réparer et améliorer leur navire. Pendant la phase de combat, les joueurs joueront une main de cartes pour manœuvrer leur navire; naviguer entre les obstacles, fouiller les épaves et tirer des canons sur leurs adversaires. Des cartes à usages multiples offrent des options à mesure que la bataille se déroule et des bonus de cartes récompensent un jeu intelligent.