Dans ce jeu de stratégie, vous guiderez l'expansion de la ferme de votre famille au-delà des frontières connues de la forêt. Au fur et à mesure que votre établissement grandit, de plus en plus de personnes se rassembleront sous votre bannière. Vous cultiverez la terre, construirez de nouvelles communautés et façonnerez l'avenir. Cependant, vous devez procéder avec prudence. Votre expansion pourrait perturber les esprits qui habitent encore la nature sauvage. Les yokai sont vigilants et leurs méfaits peuvent entraver vos plans si vous ne reconnaissez pas leur présence. Augmentez votre influence, adaptez vos stratégies et attirez les bonnes personnes dans votre colonie pour gagner des points de victoire.
Dans Shugendo, chaque joueur possède son propre paquet de cartes. Pendant le jeu, vous améliorerez votre paquet en remplaçant vos cartes de départ plus faibles par des cartes de colons plus puissantes. À chaque tour, les joueurs jouent trois phases : révélation, action et recrutement. Dans la première phase, ils révéleront des cartes jusqu'à ce qu'ils décident d'arrêter ou jusqu'à ce qu'ils « explosent » en révélant 7 icônes yokai ou plus. Si cela se produit, ils ne peuvent jouer que la phase d'action ou la phase de recrutement. Dans la phase d'action, les joueurs augmentent leurs jauges en fonction des cartes révélées et effectuent l'une des actions principales (explorer, étendre ou développer). Enfin, dans la phase de recrutement, les joueurs reçoivent divers bonus en fonction des cartes révélées et recrutent des cartes des ères débloquées.