Trois ans après les événements de Seraph of the End : Catastrophe à Seize... Guren Ichinose a péché. Il a brisé le tabou de la résurrection humaine. Il a tenté de ramener ses amis et sa famille décédés grâce à l'expérience Seraph of the End. Aujourd'hui, l'humanité est à nouveau confrontée à la destruction. Les seuls survivants sont les démons et les enfants. La population humaine étant réduite à moins d'un dixième de ce qu'elle était, les monstres se multiplient sur Terre et les vampires chassent les humains comme des proies. Mais les humains restants s'accrochent à l'espoir que le monde sera restauré. Gardant le secret de son crime, Guren Ichinose doit faire un pas en avant une fois de plus.