LEVEL 7 [Protocole Oméga] reprend là où LEVEL 7 [Évasion] s'était arrêté. L'installation de Subterra Bravo a été plongée dans le chaos par les actions des joueurs dans [Évasion], et maintenant le gouvernement a envoyé une unité des forces spéciales top secrète et hautement entraînée pour fermer l'installation et éliminer tout ce qui reste dans la base.
Dans [Protocole Oméga], un joueur incarne le Superviseur tandis que deux à cinq autres joueurs incarnent l'équipe d'élite des Opérations Spéciales. Le rôle du Superviseur dans le jeu est de contrôler tous les habitants extraterrestres et les défis auxquels les joueurs sont confrontés tout au long du jeu. Les joueurs essaient d'atteindre des objectifs spécifiques basés sur des scénarios en explorant une carte qui est établie au début et en combattant les hordes d'extraterrestres que le Superviseur leur envoie.
Le gameplay est basé sur l'adrénaline, qui est la monnaie que les joueurs soldats utilisent pour effectuer des actions. Ils génèrent de l'adrénaline pour faire des choses comme bouger, attaquer et effectuer des actions spéciales comme activer un espace objectif. Cette génération a également un effet négatif pour eux, car cette adrénaline est transférée au joueur Superviseur, qui l'utilise ensuite pour faire apparaître des extraterrestres, créer de nouvelles menaces et nuire aux chances de succès des soldats pendant le scénario. Plus les joueurs des Opérations Spéciales entreprennent d'actions, plus le joueur Superviseur dispose de ressources.