San Juan est un jeu de cartes basé sur Puerto Rico. Le paquet de 110 cartes est composé de bâtiments de production (indigo, sucre, tabac, café et argent) et de bâtiments "violets" qui confèrent des pouvoirs spéciaux ou des points de victoire supplémentaires. Les cartes de la main peuvent être soit construites, soit utilisées comme monnaie pour construire autre chose ; les cartes du paquet sont utilisées pour représenter les biens produits par les bâtiments de production, auquel cas elles sont laissées face cachée. Une limite de sept cartes en main est appliquée une fois par tour.
À chaque tour (ou gouvernorat), chaque joueur choisit à tour de rôle l'un des rôles disponibles, déclenchant un événement qui affecte généralement tous les joueurs, comme la production de biens ou la construction de bâtiments. La personne qui choisit le rôle bénéficie d'un privilège, comme la production de plus de biens ou la construction à moindre coût.
Bien que conceptuellement similaire à Puerto Rico, le jeu présente de nombreux mécanismes différents. En particulier, le jeu n'inclut pas de colons ni d'expédition de marchandises ; la production et le commerce de marchandises sont normalement limités à une carte par phase ; et les échanges ne peuvent pas être bloqués. Les points de victoire sont gagnés exclusivement par la construction, et le jeu se termine dès qu'un joueur a érigé douze bâtiments.