Wendy Davies, 16 ans, fait tomber sa voiture dans un lac par une nuit de fin d'été en Nouvelle-Angleterre, avec ses deux jeunes frères sur la banquette arrière. Lorsqu'elle se réveille à l'hôpital, on lui annonce que son plus jeune frère, Michael, est mort. Wendy – une adolescente autrefois rationnelle – choque sa famille en insistant sur le fait que Michael est vivant et sous la garde d'un mystérieux garçon volant. Placé dans une nouvelle école, Wendy négocie entre le fantasme et la réalité alors que les élèves et les adultes autour d'elle ressemblent à des personnages du Pays imaginaire. Munie d'un carnet de croquis par son thérapeute, Wendy commence à dessiner. Mais Le Projet Wendy est-il simplement son espace sûr, ou un portail entre les mondes ?