The Manhattan Project: Second Stage comprend quatre petites extensions qui peuvent être ajoutées au jeu de base individuellement ou ensemble.
Nations 2 fonctionne comme la précédente extension Nations, chaque joueur recevant une carte pour représenter un pays et acquérir un pouvoir spécial. Sept nouveaux pays et pouvoirs sont représentés.
La technologie des fusées vous permet de construire une usine de fusées lorsque vous effectuez l'action "Concevoir une bombe". Les fusées fonctionnent exactement comme les bombardiers - mais les chasseurs n'offrent aucune défense contre elles.
La technologie de la bombe H améliore l'action "Concevoir une bombe", permettant à un joueur de remettre une bombe disponible au bas de la pioche afin d'acquérir une carte Bombe H. Pour construire une bombe H, cependant, le joueur a besoin de deutérure de lithium, qui provient de nouvelles cartes qui fonctionnent de manière similaire aux mines.
Personnages ajoute sept rôles au jeu basés sur de vrais individus qui ont contribué au projet Manhattan. Chaque fois que vous récupérez vos ouvriers, vous sélectionnerez un rôle différent. Chaque rôle vous accordera des avantages persistants jusqu'à la prochaine fois que vous récupérerez
