Se déroulant dans les eaux autour de l'Amérique du Sud, l'Opération Chasseur d'Ombres oppose deux ennemis jurés : l'Empire du Soleil Levant et les États Fédérés d'Amérique.
Sur un territoire qui appartenait autrefois à la République d'Argentine, les forces de l'Empire du Soleil Levant sont à nouveau en mouvement. Leur plan est complexe, leur objectif global encore secret, mais les dés sont déjà jetés et les lignes de bataille tracées. Les forces orientales ont un nouvel allié mortel. Les infâmes Wani sont revenus d'exil, apportant une technologie jamais vue pour sceller leur nouveau pacte de service avec l'Empire.
Au nord, les États Fédérés d'Amérique ont réagi avec célérité à la perte de leurs propres navires, militaires et civils. Dans le but de contrer le mystérieux « Vaisseau Fantôme », les principaux scientifiques de cette grande nation ont accéléré le développement de leur propre arme secrète – le sous-marin de classe Boston – et les Amiraux américains sont impatients de le prouver au combat. Conçu pour engager et détruire même les navires ennemis les plus redoutables, le Boston Class est armé des dernières armes avancées et d'un complément de sous-marins d'assaut.
La scène est prête pour un conflit létal alors que deux des forces navales les plus meurtrières de la planète s'affrontent dans les eaux autrefois calmes au large des côtes du Brésil.