Emerald Echoes est une aventure narrative et énigmatique proposant des puzzles magnifiquement illustrés et des objets tactiles. À travers les yeux d'un chercheur en histoire, les joueurs découvrent l'histoire d'une alchimiste légendaire et de ses compagnons. Raconter en quatre chapitres, Emerald Echoes est une suite indépendante de The Emerald Flame.
Dans chaque chapitre, il y a une collection d'éléments non étiquetés, ainsi qu'une série de dossiers de puzzles verts étiquetés numériquement dans l'ordre où ils doivent être résolus (1.1, 1.2, 1.3, et ainsi de suite). Il y a treize dossiers de puzzles au total. Il y a aussi des dossiers bleus qui ne contiennent pas de puzzles mais qui doivent être ouverts dans le même ordre numérique pour révéler plus d'éléments de l'histoire.
Chaque dossier vert contient au moins un document écrit à examiner – celui-ci doit servir de point de départ pour assembler les éléments nécessaires à la résolution de l'énigme. Chaque dossier de puzzle contient également une pochette avec une carte intitulée "Analyse", présentant des indices progressifs, ainsi que la solution, pour chaque puzzle.