Chaque année, l'élite Hope's Peak Academy sélectionne uniquement les étudiants les plus doués et talentueux à inscrire – plus un étudiant ordinaire, choisi par tirage au sort. Makoto Naegi était cette personne chanceuse – du moins le pensait-il ! Quand il arrive en classe, il découvre que les étudiants d'élite sont une étrange galerie de personnages excentriques sous l'autorité impitoyable d'un ours en peluche robot, Monokuma. L'ours énonce les règles de l'école : la seule façon de sortir de Hope's Peak est non seulement d'assassiner un autre étudiant, mais de s'en tirer sans être découvert, car chaque meurtre est suivi d'un tribunal composé des étudiants survivants !