De la carcasse d'une ville incendiée qu'elle a connue comme foyer, à une petite ville déchirée entre les factions de l'énigmatique Mama Shotgun, matrone du bordel de la ville, et de Pastoer Jacob, prédicateur du « troupeau » de la ville-tente à la périphérie, Apocalypse Girl suit le voyage d'Anna, de la perte de son père à sa recherche de son ami, Abraham, la plongeant à la fois dans les conflits de la ville et l'opposant au seigneur de guerre tyrannique connu sous le nom de Général Cleaver et de son lieutenant en chef, « The Handler ».