Cry Havoc: Aftermath enrichit Cry Havoc avec de nouvelles compétences et structures pour offrir encore plus de rejouabilité au jeu. Chaque faction reçoit cinq nouvelles compétences et trois nouvelles structures, ce qui double presque le nombre d'aptitudes uniques dans le jeu.
De plus, cette extension introduit un mode de jeu alternatif qui garantit que chaque partie dure cinq tours complets. Lorsqu'un jeton événement est passé, au lieu d'être retiré, de nouvelles capacités de score sont introduites, offrant aux joueurs encore plus d'options pour gagner des points de victoire.